Hola Edgar.

Nosotros hace un año presentamos un problema similar cuando la carga de entradas en proceso era demasiada o mas de lo normal en el servidor nos arroja esta clase de error exclusivamente en el nodo de "Custom Query", nosotros contamos con la versión 9.2.1 en ese entonces y aplicamos un index en la base de datos de Workflow, no sin antes respaldar la misma base de datos:

CREATE NONCLUSTERED INDEX wait_condition_wf_ix ON wait_condition
(
instance_id,
workflow_id
)

Después de esto ya no arrojo el error, ojo tendrías que detener todos los servicios posteriormente aplicar el index levantarlos y luego comprobar , esto para que la base de datos no este en ejecución u ocupada en ese momento.

También otro detalle que habría que analizar es: ¿con que hardware cuentas en el servidor de base de datos y workflow?, ¿el servidor de base de datos lo compartes con otra aplicación? y  ¿que configuración manejar en el servidor de workflow, cuantas actividades corre por core?.

Pero en resumen el index funciono para nosotros.